Giovanni Paolo Benotto è nato a Pisa il 23 settembre 1949, da Pietro e Bianca Vanni ricevendo il Battesimo nell’ospedale di S. Chiara il 29 settembre 1949. Primo di due figli ha vissuto l’infanzia e l’adolescenza a Pugnano nella cui parrocchia ha ricevuto la Cresima dall’Arcivescovo Ugo Camozzo e la prima Comunione. A Ripafratta ha frequentato l’asilo tenuto dalle Suore di Santa Chiara e ha terminato le scuole elementari. Dopo le scuole medie statali a San Giuliano Terme si è formato al Liceo Scientifico Statale “Ulisse Dini” di Pisa dove, nel 1968, ha conseguito il diploma di maturità scientifica. Dopo la maturità, sotto la guida di Don Mario Maracich e di Don Antonio Bianchin (poi Vescovo assistente nazionale dell’Azione Cattolica), ha fatto ingresso nel Seminario Arcivescovile S. Caterina di Pisa dove ha frequentato i corsi filosofico-teologici, preparandosi al sacerdozio ministeriale.
È stato ordinato presbitero dall’Arcivescovo Benvenuto Matteucci il 28 giugno 1973. Dopo l’ordinazione l’Arcivescovo lo ha voluto a suo fianco come Segretario Particolare fino al 1980 quando lo ha nominato Priore della parrocchia di San Michele Arcangelo in Oratoio nel Piano di Pisa, servizio ricoperto fino al 1993. Nel frattempo oltre ad insegnare Teologia Liturgica presso il Seminario Arcivescovile è stato, tra l’altro, anche Responsabile del Centro pastorale diocesano per il culto e la liturgia e membro dell’Ufficio Liturgico della Conferenza Episcopale Toscana.
Nel 1993 l’Arcivescovo Alessandro Plotti lo ha nominato Vicario Generale dell’Arcidiocesi e nel 1994 Canonico de numero del capitolo della Primaziale pisana.
Il 5 luglio del 2003 è stato nominato dal Servo di Dio Papa Giovanni Paolo II Vescovo di Tivoli. Ha ricevuto l’ordinazione episcopale il 7 settembre 2003 nella Cattedrale di Pisa da Mons. Plotti, conconsacrante Mons. Paolo Romeo nunzio apostolico in Italia e Mons. Pietro Garlato suo predecessore a Tivoli. Ha preso possesso della Diocesi Tiburtina il 4 ottobre 2003. Il 18 agosto 2006 è stato nominato dal Papa Benedetto XVI, ad quinquennum, membro della Congregazione delle Cause dei Santi.
Il 2 febbraio 2008 il Santo Padre Benedetto XVI lo ha trasferito alla sede metropolitana di Pisa avendo accettato le dimissioni di Mons. Plotti per raggiunti limiti di età. L’Arcivescovo Benotto ha iniziato solennemente il suo ministero pastorale nell’Arcidiocesi il 6 aprile 2008. Il 29 giugno 2008 ha ricevuto dal Santo Padre Benedetto XVI il Sacro Pallio, segno dei metropoliti, nel corso della Celebrazione Eucaristica nella Basilica Papale di San Pietro in Vaticano.
Durante i lavori della 61a Assemblea Generale (Roma, 24-28 maggio 2010) della Conferenza Episcopale Italiana è stato eletto dai vescovi membro del Consiglio per gli Affari Economici della C.E.I..
Giovanni Paolo Benotto è l’ottantacinquesimo Arcivescovo della Chiesa Primaziale Pisana, metropolita della provincia ecclesiastica pisana (che comprende oltre Pisa le diocesi di Livorno, Massa Carrara-Pontremoli, Pescia, Volterra), e il primo nativo dell’arcidiocesi dopo 202 anni: l’ultimo fu Ranieri Alliata che guidò l’arcidiocesi dal 1806 al 1836.